《开心超人联盟之英雄归来》将延续上一部的故事展开。超人们告别了小宅从过去回到现在，继续守护星星球。然而现在的星星球有更大危机等着他们：司令寄给大大怪一个神奇的披风，能拿出很多道具增强怪兽的能力，好让大大怪和小小怪更容易侵略星星球！那个神秘的4451是什么意思，也解开了：原来这四个数字竟然是司令寄给大大怪与小小怪用来毁灭星星球的终极武器的代号！
为了应付这个危机，超人也继续在超星学院提升自己的技能，更好地守护这个星球。同时，一直离开的战神伽罗被阿德里星的三位长老救活重生，并在一个名叫阿奇的阿德里星小男孩帮助下重新和小心超人相遇，回到超人的团队，与大家一起并肩作战，共同守护星星球！